Druhá časť prednášky dr. Malého sa zamerala na často prehliadané obdobie dejín, kedy sa zdvihla vlna prenasledovania kresťanov, počnúc osvietenstvom v 18. storočí a pokračujúc cez hrôzy Francúzskej revolúcie, komunistických režimov či nacizmus až po dnešné obdobie.
Osvietenstvo, hoci deklarovalo myšlienky slobody a rozumu, viedlo k silnému protikatolíckemu sentimentu. Mnohí vládcovia a vplyvní ľudia patrili k slobodomurárskym lóžam, ktoré sa snažili eliminovať vplyv katolíckej cirkvi. V Portugalsku za vlády slobodomurára Pombala došlo k otvorenému teroru proti katolíkom. Napriek formálnej existencii katolíckej cirkvi boli kňazi boli nútení hlásať, že Ježiš Kristus je len jedným z mnohých prorokov na rovnakej úrovni ako Budha či Mohamed. Pombal nechal popraviť tisíce katolíkov, vrátane jezuitov, ktorí sa odmietli podriadiť jeho požiadavkám.
Francúzska revolúcia priniesla ešte desivejšie prenasledovanie. Jakobínsky teror viedol k brutálnym popravám stoviek tisíc katolíkov, ktorí boli gilotinovaní, zastrelení alebo utopení. Generál Westerman s hrdosťou hlásil zničenie oblasti Vendée a vyvraždenie žien a detí. Praktiky jakobínov boli prirovnávané k neskorším zločinom SS, vrátane chemických zbraní a spracovania tiel na tuk a mydlo. Tieto udalosti historik Vittorio Messori označil za prvú genocídu v novovekých dejinách motivovanú náboženskými dôvodmi.
V 19. storočí sa podobné prenasledovanie odohralo aj v Taliansku počas zjednocovania krajiny (Risorgimento). Revolucionári, inšpirovaní francúzskymi jakobínmi, sa zmocnili Ríma, lúpili cirkevný majetok, prepúšťali rehoľné sestry a páchali satanské mše. Vraždy kňazov a rehoľníkov boli beztrestné. Hoci pápež Pius IX. preukázal veľkorysosť voči zatknutým revolucionárom, boje proti cirkevnému štátu pokračovali pod vedením Giuseppe Garibaldiho, ktorého vojská sa dopúšťali podobných зверstiev.
Komunistické režimy v 20. storočí priniesli ďalšiu vlnu krutého prenasledovania kresťanov, najmä v Sovietskom Rusku. Marxisticko-leninská ideológia viedla k vraždám stoviek pravoslávnych biskupov, tisícov kňazov a miliónov veriacich. Katolícka cirkev, hoci menšinová, tiež čelila teroru. Napriek formálnej náboženskej slobode boli chrámy zatvárané, náboženská výchova zakázaná a veriaci čelili diskriminácii a väzeniu. Podobné prenasledovanie sa odohrávalo aj v iných komunistických krajinách, pričom najhoršia situácia bola v Albánsku, ktorá sa vyhlásila za prvý ateistický štát na svete.
Nacistický režim v Nemecku bol taktiež nepriateľský voči kresťanstvu, hoci jeho ideologické základy boli odlišné od komunizmu. Katolíci, ktorí sa postavili proti nacistickej ideológii, boli prenasledovaní a posielaní do koncentračných táborov. Počet zavraždených a uväznených kňazov v nacistami ovládanej Európe dosiahol desaťtisíce. Príkladom hrdinstva je svätý Maximilián Kolbe, ktorý obetoval svoj život za spoluväzňa v Osvienčime. Hoci pápež Pius XII. bol nesprávne obviňovaný z mlčania k prenasledovaniu Židov, Vatikán aktívne pomáhal Židom a ako prvý informoval svet o existencii vyhladzovacích táborov.
V súčasnosti kresťania naďalej čelia prenasledovaniu v mnohých častiach sveta, najmä v komunistických a moslimských krajinách. Podľa organizácie Open Doors každých päť minút zomrie niekto pre svoju vieru v Krista. Aj v tzv. liberálnych demokraciách sa objavujú nové formy perzekúcie, napríklad pre obranu nenarodeného života alebo odmietanie genderovej ideológie. Modernistická hierarchia v Cirkvi tiež prispieva k prenasledovaniu veriacich, ktorí sa držia tradičnej náuky.
Prednáška poukázala na to, že prenasledovanie kresťanov má dlhú a tragickú históriu a hoci sa jeho formy menia, vernosť Kristovi si stále vyžaduje odvahu a odhodlanie. Napriek tomu, veriaci môžu s dôverou prosiť o Božiu milosť, aby dokázali vydať svedectvo o svojej viere aj v náročných časoch.
Poznámka k Jánovi Husovi a Giordanovi Brunovi:
Prednášajúci zodpovedal aj divácke otázky týkajúce sa Jána Husa či Giordana Bruna, popraveného v skutočnosti za činy, ktoré by v každej civilizovanej spoločnosti boli považované za ťažký kriminálny delikt.